Alonte potrebbe essere definito il paese delle cento doline, tante solo le concavità che si trovano sui colli, che al massimo si elevano per 150 metri sulla circostante pianura.
Un tempo queste vallate ospitavano anche numerosi laghetti e pozze d’acqua.
Il territorio, costituito da un tavolato di pietra calcarea, riporta fenomeni tipici di un’area carsica, il cui esempio più importante è la grotta dei mulini di Alonte, a cui è collegata l’omonima sorgente.
Tale grotta è la seconda più lunga dei colli Berici, con uno sviluppo complessivo di 670 metri.
L’imboccatura della grotta si apre alla base di una grande cengia a strapiombo.
La grotta è però di difficile penetrazione, in quanto contiene numerosi sifoni spesso inondati.
La sorgente che da tale grotta prende avvio è la più copiosa dei berici meridionali, e genera un corso d’acqua che si inoltra nella pianura per parecchi chilometri.